Ngay sau khi trở lại ngôi vua, Minh Anh Tông phế truất Đại Tông đang bệnh nặng làm Thành vương như cũ, cho ra ở Tây cung, phế chức Hoàng thái hậu của Ngô thị là mẫu thân Thành vương. Vợ cả của Thành vương là Uông thị trước kia vì từng phản đối thay đổi thái tử mà bị Cảnh Thái đày vào lãnh cung, đến đây Anh Tông cho thả ra, lại phong là Vương phi như trước. Mấy ngày sau Thành vương Chu Kỳ Ngọc qua đời. Có ý kiến cho rằng Thành vương bị Anh Tông sai người sát hại.

Sau đó ông hạ lệnh khôi phục chức tước, danh dự cho hoạn quan Vương Chấn, lập con là Chu Kiến Thâm trở lại ngôi thái tử. Những người có công làm binh biến được phong thưởng lớn có tới 3000 người. Nhiều người thăng tiến thời Cảnh Thái đều bị giáng chức hàng loạt.

Từ Hữu Trinh và Thạch Hanh trở thành công thần, muốn trừ bỏ Vu Khiêm và Vương Văn, bèn quy cho Vu Khiêm và Vương Văn tội muốn lập Tương vương Chu Chiêm Thiện (chú của Anh Tông và Đại Tông) làm vua. Kết quả hai người bị Minh Anh Tông kết án tử hình. Mọi người trong thiên hạ đều nói Vu Khiêm có công đánh lui quân Ngõa Thích bị chết oan. Việc sát hại Vu Khiêm của Minh Anh Tông bị đánh giá là sai lầm lớn nhất của ông trong lần làm vua thứ 2.

Từ khi Vu Khiêm bị sát hại, việc quân sự bị bỏ bễ, Anh Tông lo buồn và hối hận vì việc này. Minh Anh Tông giao việc triều chính cho Từ Hữu Trinh. Những người tham gia binh biến sau khi được đắc sủng chỉ chú trọng làm việc riêng tư, cuối cùng nảy sinh những việc tranh chấp quyền lực giữa những người này.